Saison 1 (Rail Wars!)

Takayama Naoto est un élève de deuxième année au lycée qui rêve de devenir conducteur de train. Dans l'espoir de décrocher un emploi auprès de Japan National Railways, l'une des entreprises les plus stables au Japon grâce au soutien du gouvernement, Naoto a postulé au programme de formation en entreprise pour étudiants.

Ayant obtenu sa qualification pour la formation en entreprise, Naoto est affecté à K4, l'équipe de la 4e garde de sécurité ferroviaire centrale de Tokyo. Il y retrouve ses partenaires de l'Académie Centrale de la JNR : Aoi, Haruka et Sho. Ils commencent immédiatement leur travail à la gare de Tokyo, mais Naoto est de plus en plus anxieux en voyant la Police Mobile de Sécurité Publique se lancer dans une mission.

Sassho Mari, tout comme Naoto, est en deuxième année au lycée ferroviaire de Kiryu. Elle aime cuisiner, faire le ménage, laver le linge et collectionner des enregistrements de sons de train. Dans l'espoir de travailler comme agent de bord dans une entreprise liée au chemin de fer, elle a commencé une formation en entreprise avec Japan Restaurant Enterprise Co., Ltd., une filiale de la JNR.

La populaire idole Kashima Noa est nommée chef honoraire de l'équipe de sécurité ferroviaire pour la journée, et K4 est chargé de la protéger. Ils accompagnent Noa à bord de l'express Odoriko pour un événement sponsorisé par la JNR qui a lieu sur une plage près de la gare d'Ito.

Tôt le matin, Naoto est entraîné par Aoi à une séance de tir sous la gare de Tokyo. Quand ils terminent, Aoi ne semble toujours pas satisfaite. Ensuite, Naoto reçoit un message de Mari concernant les plans pour la sortie scolaire du lendemain.

Les membres de K4 ont été suspendus et doivent rester chez eux pour avoir agi de manière imprudente sur la ligne Ashio. Naoto se détend chez lui lorsqu'il reçoit une lettre anonyme qui lui fait froid dans le dos : une menace de mort. Il appelle Aoi pour lui demander conseil, mais elle ne répond pas.

Naoto et les autres membres de K4 se rendent à Karuizawa pour une formation avancée des Forces de Sécurité Ferroviaire. Naoto est enthousiaste à l'idée de suivre un cours sur l'utilisation d'une locomotive électrique EF63. Aoi l'accompagne aux entraînements de tir et de force, disant qu'elle ne veut pas qu'il la ralentisse alors qu'ils vont travailler ensemble dans la sécurité ferroviaire. Naoto lui répond qu'il vise plutôt à devenir conducteur, ce qui mène à une dispute.

Les malentendus menacent davantage l'harmonie parmi les membres de K4. Même le temps fait des siennes, provoquant un glissement de terrain près de Karuizawa. Pendant ce temps, une employée du Système de Transport d'Organes du Japon dit aux agents de la gare qu'elle doit transporter un organe à l'hôpital de Maebashi le plus rapidement possible pour une transplantation, mais les chemins de fer et les routes sont bloqués à cause des fortes pluies.

Naoto et K4 se dirigent vers Yokokawa sous une pluie battante. Haruka assure que la voie entre le Pont Usui n°3 et Yokokawa est sûre puisqu'elle est régulièrement entretenue pour l'ouverture du Usui Abt Railway, mais la descente est raide, ils ne peuvent pas ralentir, et les tunnels étroits rendent difficile la gestion des virages... Ils sont dans une situation critique quand Iwaizumi intervient !

Le prince Bernina du petit royaume méditerranéen d'Atella est arrivé au Japon pour assister à une cérémonie de ville jumelée à Sapporo. Les membres de K4 sont chargés de l'escorter et de le guider jusqu'à sa destination. Naoto et les autres s'apprêtent à monter dans le Hokutosei 3 à la gare d'Ueno lorsque Aoi contacte Naoto et lui dit qu'elle poursuit un homme suspect qui observait le quai.

Naoto et les autres ont réussi à repousser leurs assaillants dans le Hokutosei, mais alors qu'ils fuient, Naoto et Bernina sont à nouveau attaqués. Cette fois, c'est Aoi qui vient à la rescousse, les rejoignant à Sendai via le Shinkansen Tohoku. Juste au moment où Naoto pousse un soupir de soulagement, son téléphone sonne soudainement...

Après avoir raccompagné les autres à Tokyo et nettoyé les dégâts de l'incident du Hokutosei, Naoto et Iida attendent à la gare d'Aomori. La locomotive qui va tirer leur train jusqu'à Tokyo est la KiHa 381, équipée d'une turbine à gaz alimentée au diesel et d'un système pendulaire. Peu après le départ, Naoto entend un bruit étrange et ressent qu'il se passe quelque chose d'anormal.