Saison 1 (Yosuga no Sora)

Les jumeaux Kasugano Yuu et Sora, après la mort de leurs parents, décident de retourner à Okumura pour vivre ensemble. Ils s'éloignent du tumulte de la ville et commencent à réfléchir à leur avenir et à leur relation. Cependant, Sora ne peut pas oublier le souvenir du baiser qu'elle a échangé avec Yuu lorsqu'ils étaient enfants.

Iori, la fille unique d'un riche homme d'affaires local, et Eiki, élevée avec Yuu et qui travaille comme prêtresse dans un sanctuaire, sont très proches. Iori prend particulièrement soin d'Eiki. Yuu, qui pensait simplement que leur relation était amicale, découvre un jour une vérité surprenante.

Iori révèle à Yuu qu'elle et Eiki sont demi-sœurs. En apprenant pourquoi Iori s'investit autant pour s'occuper d'Eiki, Yuu commence à être attiré par sa gentillesse et son attention. Comme Yuu et Iori accordent tous deux une grande importance à la famille, cela les rapproche, et ils commencent à chercher une relation plus profonde.

La relation entre Yuu et Iori devient de plus en plus intime. D'un autre côté, Eiki se surmène pour préparer le festival d'été et finit par s'effondrer. Iori, se sentant responsable, néglige sa propre santé pour s'occuper d'Eiki. Voyant cela, Yuu décide d'aider Iori à résoudre le problème qui la pousse à se sacrifier ainsi, c'est-à-dire la relation entre Eiki, Iori et leur père.

C'est Eiki, et non Iori, qui révèle à Yuu qu'ils sont demi-sœurs. Bien qu'Eiki ait un passé difficile, elle n'a pas abandonné. Un jour, Yuu, profondément attiré par Eiki, découvre qu'il a perdu un pendentif qu'Eiki chérissait étant enfant. Ensemble, ils partent à la recherche de ce pendentif.

Le journal de la grand-mère de Yuu, contenant des informations sur une erreur de naissance possible entre lui et Iori, est caché par Eiki. Bien que Yuu insiste pour effectuer un test ADN pour clarifier la situation, Hachirou et Eiki s'y opposent. Eiki a peur que la personne qu'elle aime puisse à nouveau partir de sa vie.

Pour Yuu, Nao a toujours été une grande sœur sur laquelle il pouvait compter, et maintenant, elle est aussi quelqu'un qui lui fait battre le cœur. Quand Yuu revient à Okumura après un certain temps, il se sent rassuré grâce à la présence de Nao, mais Nao regrette certaines choses qu'elle a faites par le passé envers Yuu.

Après avoir compris les sentiments de Nao, Yuu répond positivement. Bien que Sora découvre leur relation, elle le rejette. Cependant, quand Yuu apprend que Nao se sentait toujours seule, il décide de suivre son cœur. Yuu se souvient de la première fois qu'il a vu Nao enfant, elle avait toujours un grand sourire.

Lors d'une sortie à la plage, Yuu se noie accidentellement et est sauvé par Nao. Cependant, après cet incident, le comportement de Sora devient étrange, et elle demande à Yuu de choisir entre Nao et elle. Yuu, en réponse, adopte une attitude distante envers Sora. Finalement, Sora disparaît devant Yuu et les autres, et Yuu se sent profondément regretter cette situation.

Yuu confirme à nouveau ses sentiments passés envers Nao. Cependant, l'attitude sans défense et dévouée de Sora perturbe Yuu, qui finit par voir une scène où Sora, en appelant son nom, se caresse. Cela réveille des sentiments que Yuu tente de réprimer : des sentiments pour sa sœur.

Yuu, après avoir vu Sora, est distrait lors de son rendez-vous avec Nao et l'emmène brusquement à un hôtel. À ce moment-là, Nao lui demande : « Yuu, m'aimes-tu ? » Face à cette question, Yuu reste silencieux. Plus tard, Sora tombe malade, ce qui amène une subtile évolution de ses sentiments pour Nao... Que se passe-t-il exactement ? Que va devenir leur relation ?

Kozue considère la relation entre Yuu et Sora comme extrêmement anormale et la rejette. En raison de problèmes financiers, les deux frères et sœurs ne peuvent plus rester dans leur petite ville. Plus tard, à cause de divers facteurs éthiques et moraux, Sora tente de se jeter dans un lac pour en finir, mais Yuu se précipite pour la sauver et se retrouve plongé dans l'eau avec elle. Quand Yuu reprend conscience, il découvre que c'est Sora qui l'a sauvé. Il pleure dans ses bras quand elle se réveille, et ensemble, ils quittent Okumura pour commencer une nouvelle vie.