Saison 2 (Mission impossible, 20 ans après)

Un agent de Mission Impossible est mort en essayant d'arrêter le prince Selimun, trafiquant de drogue pour le compte de l'organisation du Serpent d'Or. Barney, le père de Grant s'infiltre dans l'organisation mais il est capturé par Selimun..

Barney, affaibli par les tortures, tombe à la mer lors de sa fuite du repère du Serpent d'Or. L'équipe, pressée par le temps, ne peut le secourir. La dirigeante de l'organisation, Drago Conrad, croyant enfin être en possession de la drogue, se débarrasse du prince Selimun. L'équipe va tout faire pour l'obliger à révéler lecartel.

Le prince Arkadi conduit lentement son pays vers la démocratie, grâce à l'influence d'une princesse américaine. Jim et ses amis devront déjouer l'attentat préparé par Caron, leader du groupe extrémiste, en identifiant et neutralisant Coyotte, l'assassin chargé d'éliminer la princesse.

Le père Vallis est l'unique personne connaissant la cachette d'une relique sacrée, la Croix de St. Barnafas. Cette croix est la preuve des atrocités que Savitch, le ministre de la Défense, a exercées. L'équipe de Mission Impossible doit délivrer le père Vallis retenu prisonnier par Savitch et retrouver cette relique.

Jim et son équipe doivent empêcher le général Vang Kai, chef d'Etat du Kangji, d'effacer la capitale de la carte au moyen d'un dispositif nucléaire. Celui-ci entend désigner les Etats-Unis comme coupables pour ensuite prendre le pouvoir.

Le général Eli Szabo, à la tête de l'armée d'un petit pays d'Europe centrale, la Sardevia, a l'ambition d'étendre son pouvoir. Il projette d'envahir le pays voisin, riche en ressources pétrolières. L'équipe doit intervenir pour éviter que la région entière ne devienne un champ de bataille.

Un membre de l'équipe de Mission Impossible disparaît peu avant la mise en orbite du premier satellite commercial autour de la Terre. Un coup monté semble probable et l'équipe doit surveiller le site de lancement de très près.

L'équipe tente d'infiltrer la réunion secrète de plusieurs groupes néo-nazis, rassemblés pour procéder à la nomination d'un nouveau dirigeant unique qui renforcerait la cause nazie. Il est aussi question d'une nouvelle arme spéciale, présentée au cours de l'assemblée.

Dans le seul but d'augmenter ses profits, un trafiquant d'armes irlandais n'hésite pas à attiser les tensions entre les deux factions opposées de l'IRA. L'équipe de Jim Phelps doit faire entendre raison aux deux parties, afin qu'elles s'allient contre ce trafiquant peu scrupuleux.

L'équipe de Jim doit retrouver un tableau, le trésor national d'un pays, dérobé lors d'une exposition aux Etats-Unis. Le vol aurait été commandité par un ministre de ce pays qui désire faire accuser le gouvernement américain de la disparition du tableau et le rendre redevable.

Le terroriste Joussef K, originaire d'Orambach, prévoit de lâcher un virus mortel sur les champs de blé américains. L'équipe de Jim doit stopper la production de ce virus et détruire la cellule terroriste.

Jim Phelps se voit proposer une nouvelle mission. Son équipe et lui doivent partir pour la Nouvelle-Belgique, où ils tentent d'élucider les morts suspectes de membres d'une tribu aborigène. L'affaire les amène rapidement à enquêter sur une mine d'or. Max se fait passer pour un ouvrier... 

Un diplomate étranger de renommée internationale est assassiné près du Palais des Nations, à Genève. Le meurtrier est aussitôt abattu par les forces de l'ordre. 

Ian McClintlock, un ancien membre du Congrès, a construit la petite ville de Pontiac, dans le Nevada, dans laquelle les habitants vivent comme au temps du Far West. Il est soupçonné de fournir des armes à des terroristes, et serait aussi directement impliqué dans la disparition d'un agent du FBI. Jim Phelps et son équipe se rendent sur place... 

À Bogota, les rois de la drogue ont déclaré la guerre au gouvernement. Le juge Juan Silvero, connu pour sa lutte contre la drogue, est tué par Magdalena, le plus puissant baron de la drogue en Colombie. L'équipe de Mission impossible est alors envoyée à Bogota pour démanteler le réseau de ce dernier. Mais Shannon perd la mémoire dans un accident d'avion, et le neveu de Magdalena en profite pour la séduire... 

Lorsque plusieurs leaders politiques égyptiens de premier plan sont tués, Jim Phelps et son équipe sont envoyés sur place pour arrêter le chef du département des études antiques du musée de Caire. Il s'avère que celui-ci a ranimé le culte de Seth, à l'aide de cérémonies sacrificielles occultes...