En L.C. 922, le monde des hommes, Septpia, est menacé par des divinités maléfiques chassés de la terre divine, Tetra Heaven. Une police spécial baptisée ALCA, constituée de Logicalist, est alors chargée de lutter contre cette invasion. Tsurugi Yoshichika est un jeune civil ayant autrefois perdu toute sa "Logic". Il en retrouve cependant une partie grâce à Athena, une déesse venue aider les hommes à protéger leur monde et qui souhaite devenir sa partenaire. Tout deux vont alors rejoindre ALCA.
