Saison 3 (Kyle XY)

Après l'enlèvement d'Amanda, Kyle tente de la retrouver, mais il est capturé par Latnok. Il réussit tout de même à s'évader et est déterminé à retrouver celle qu'il aime...

Kyle a peur pour la vie d'Amanda après son face à face avec Latnok. Il va devenir sur-protecteur suite à la rencontre d'une intrigante médium et d'un sale cauchemar ce qui n'est pas forcément du goût d'Amanda.

Kyle découvre que Latnok a introduit quelque chose dans le cerveau d'Amanda pour qu'elle oublie son enlèvement. Mais cela lui donne des maux de tête et l'empêche de mémoriser sa partition pour son audition. Lori et Mark se rapprochent et se perdent aussitôt. Josh a de plus en plus de mal à supporter l'absence d'Andy.

La relation entre Kyle et Amanda devenait de plus en plus difficile et les deux personnages ont fini par se quitter. Kyle a beaucoup de mal à digérer cette rupture et va dans un bar en compagnie de Josh et de Declan, où il commence à boire.

Alors qu'ils se rendent à un congrès de psychologie, Nicole, Kyle et Josh ont un accident de voiture. Nicole est gravement blessée et la conductrice de l'autre voiture est enceinte, sur le point d'accoucher.

Kyle, dans un effort pour payer sa dette à Latnok, rencontre Cassidy à l'Université. Cassidy lui présente le nouveau Latnok qui est un endroit où les esprits les plus brillants du campus travaillent vers des avancées en science et technologie.

Kyle et Jessy sont chargés de trouver un thème pour la soirée de Latnok. Kyle dévoré par la jalousie, parce qu'Amanda semble s'intéresser à Nate, propose de faire porter à tous les invités un cristal qui donnera une couleur particulière en fonction de l'ADN de chacun et leur permettra de trouver la personne qui leur correspond, leur âme soeur.

Kyle et Jessi sont persuadés qu'il est arrivé quelque chose à Sarah. en revivant ses souvenirs, Jessi, guidée par Kyle, essaie de trouver des indices sur les lieux où elle l'a vue pour la dernière fois. Lori et Hillary, piégées par Declan, sont obligées de se réconcilier. Josh joue ses dernières cartes pour éviter le départ d'Andy.

Kyle souhaite se rapprocher de Cassidy pour savoir ce qu'il a réellement derrière la tête. Pour l'aider, Nicole et Stephen invitent ce dernier à dîner. Mais Jessi arrive à l'improviste en plein milieu du dîner et fait tout pour mettre Cassidy mal à l'aise. Mais il ne se laisse pas faire et annonce à la famille que Jessi a tué quelqu'un. Après le dîner, Jessi retrouve Cassidy au Rack et s'en prend à lui. Mais Kyle le défend et tue Jessi... en apparence. En faisant croire à Cassidy qu'il lui a sauvé la vie, il compte se rapprocher un peu plus de lui et découvrir enfin son secret.

Les membres de Latnok sont en train de réitérer l'expérience d'Adam, et comptent fabriquer des dizaines de clones de Kyle, qu'ils considèrent comme un être parfait. Kyle et Jessi décident de les en empêcher. Mais Cassidy a appris que Jessi était en vie et que Kyle lui avait menti. Il le retrouve chez lui et menace de tuer tous ses proches, en commençant par Jessi. Poussé dans ses retranchements, Kyle s'acharne sur Cassidy. Mais au moment où il est prêt à l'achever, celui-ci lui fait une incroyable révélation.