Saison 2 (Kyle XY)

Kyle apprend par Adam Baylin la vérité sur ses origines : il est le fruit d'une expérience visant à prolonger le temps de gestation d'un embryon afin de développer les capacités du cerveau. Les deux hommes vivent cachés pour échapper à Zzyx. Et Tom Foss est chargé de la sécurité des lieux. Si Kyle apprend beaucoup près de Baylin, les Trager lui manquent énormément. Il ne peut se résoudre à rompre définitivement le contact avec eux. La famille Trager pense que Kyle vit avec ses parents. Seul Declan est dans la confidence...

Zzyzx a été détruite, et XX est parvenue à s'échapper. Elle erre, désemparée, dans la nature. Madacorp, à qui appartenait le Centre Zzyzx, engage Emily Hollander pour retrouver XX et ainsi empêcher que soient découvertes les recherches qui y étaient menées... Kyle est de retour chez les Trager. Il déteste avoir à leur mentir, mais il ne peut faire autrement. Les impliquer serait les mettre en danger !

Kyle aimerait tant retrouver une vie normale auprès des Trager, mais Tom Foss le pousse à accepter son extraordinaire destinée et s'entraîner pour que le mental domine le corps. Pendant ce temps, Madacorp, qui a decouvert que le sujet XY était toujours en vie, décide d'utiliser XX pour entre en contact avec lui... Lori désespère : elle ne comprend pas pourquoi Declan l'évite...

Tom continue de mettre la pression sur Kyle pour qu'il redouble d'efforts. Cet entraînement perturbe la vie de la famille : les absences répétées du jeune homme ne sont pas du goût des Trager... Stephen perd son travail : il est d'autant plus mal qu'il avait promis à son fils de lui offrir une voiture pour son anniversaire... De son côté, Declan, toujours tourmenté d'avoir été mis à l'écart sans explications, cherche à percer le secret de Kyle...

Kyle est malheureux du comportement froid et distant d'Amanda... Emily introduit Jessi chez les Trager. La jeune femme est la nouvelle patiente de Nicole, une adolescente qui a du mal à s'intégrer dans ce nouvel environnement et à se faire des amis...

Après avoir eu une vision, Kyle pense qu'il peut prédire l'avenir... Stephen se prépare pour son premier jour de travail chez Matacorp... Et Jessi poursuit ses séances avec Nicole...

Ravie de la surprise que lui a réservé Kyle, Amanda lui propose d'aller ensemble au bal de l'école... Jessi redoute son premier jour dans une école où elle ne connaît personne. Emily espère qu'elle se rapprochera de Kyle. Elle y retrouve plutôt Declan...

Lori a été agressée et Declan pense que Foss est responsable. En plus, celui-ci a comme par hasard disparu... Stephen reçoit des nouvelles alarmantes. Son père, avec lequel il ne se parle plus depuis des années, a été hospitalisé à la suite d'une attaque. Actuellement dans le coma, son état est grave. Kyle souhaiterait tant pouvoir faire quelques chose pour Stephen... Jessi confie à Nicole qu'Emily est très autoritaire avec elle...

Foss est de retour ! Bien qu'il nie avoir un lien avec l'agression de Lori, il n'a aucune explication à donner à Kyle sur sa soudaine disparition... Lori organise un week-end camping dans les bois. Declan s'inquiète vu que l'endroit choisi est le lieu où était implanté Zzyzx...

Kyle est nerveux ! Il a invité Amanda à dîner chez les Trager. De retour d'un voyage professionnel, Stephen amène à l'improviste son patron, Ballantine, au même dîner. Durant le repas, Kyle remarque au doigt du patron de Madacorp, la bague de Baylin, bague qui pourrait bien être la clé de la mystérieuse boîte laissée par Baylin. Une drôle de coïncidence...

La mystérieuse boîte renfermait une photo de Baylin jeune en compagnie d'une femme ressemblant trait pour trait à Jessi. Kyle, qui sentait bien une sorte de connexion entre la jeune femme et lui, décide d'en savoir plus... La famille Trager se rend à une fête organisée pour récolter des fonds pour le cancer. Le prix à gagner est une voiture dernier modèle, que Josh est déterminé à remporter. A la déception de Nicole et Lori, Stephen est contraint d'abandonner sa famille. Sa présence est exigée chez Madacorp, où Ballantine s'apprête à tester sa machine expérimentale sur un sujet...

La fuite de Jessi crée des tensions dans la famille Trager, obligeant Nicole à prendre des mesures préventives. Kyle culpabilise. Tous ces problèmes ne sont que des conséquences liées à lui. Doit-il voler au secours de Jessi alors que Lori est persuadée qu'elle est mauvaise ? Au milieu de tout ce stress, Kyle ne parvient pas à trouver une solution...

Kyle retrouve Jessi à temps. Il tient à l'aider à trouver des réponses. Foss les met sur la piste... Pendant ce temps, Madacorp tente de les localiser, et les Trager cherchent à comprendre le mystère qui entoure Kyle. Celui qu'ils considéraient comme un membre de la famille se révèle être un étranger avec bien des secrets et des mensonges...

Après avoir récupéré malgré elle les infos de Zzyx dans la tête de Kyle, Jessi saute du haut du barrage pour en finir avec tout ça. Accablé par la tournure des événements, Kyle rentre chez les Trager et leur raconte toute la vérité à son sujet. Ensemble, la famille va pouvoir affronter Madacorp...

Jessi vit désormais avec Brian Taylor, son père. Et Emily Hollander, à la tête de Madacorp, propose à Stephen de conserver son emploi... Au lycée, c'est le forum des métiers, et chaque élève est invité à s'interroger et se renseigner pour choisir son avenir. Les possibilités qui s'offrent à Kyle sont beaucoup trop nombreuses pour s'arrêter sur un seul choix. Quant à Jessi, souffrant d'être mise à l'écart, elle veut faire quelque chose d'incroyable pour attirer l'attention...

Kyle est agréablement urpris par le retour inattendu d'Amanda. Celle-ci tient à le voir pour lui parler. Les membres de la famille Trager sont unanimes. Une telle approche ne présage rien de bon...

Sur un coup de tête, Amanda s'est enfuie de l'aéroport. Elle trouve refuge dans la chambre de Kyle, en attendant d'affronter sa mère au petit matin. Les choses se compliquent le lendemain avec l'arrivée d'une assistante sociale venue évaluer, à la suite d'une plainte, si Kyle était un élément perturbateur...

Amanda décroche un boulot au Rack. Sa première journée va-t-elle bien se passer ? D'autant plus que Josh est le patron de la boutique en l'absence du responsable. Cette journée, censée être calme, devient vite hors de contrôle... Brian assure Jessi qu'elle ne peut compter sur Kyle...

Sur les conseils d'Adam Baylin, Kyle tente d'aider Jessi. Il l'emmène visiter l'université où a étudié sa mère, Sarah, pour en apprendre davantage sur elle... Lori et Hillary proposent d'aider Amanda à trouver un DJ pour le bal de promo du lycée, dont elle doit assurer l'organisation... Quant à Josh et Andy, leurs relations s'envenniment...

Kyle ne comprend pas ce qu'il lui arrive. Le jeune homme semble surmené et incapable de venir en aide à sa famille et à ses amis. Sa tête lui jouerait-elle des tours ?

Avec sa progression spectaculaire, le Principal Hooper soupçonne Josh d'avoir triché aux examens. Il semblerait que de nombreux élèves soient dans le même cas. Les réponses auraient été postées sur un site internet... Taylor continue de pousser Jessi à dépasser ses limites. Kyle reçoit des messages anonymes sur son ordinateur. Son interlocuteur lui demande de venir en aide à Jessi...

Kyle fait la connaissance de Sarah. Celle-ci le met en garde contre Brian Taylor, qui utilise Jessi pour regagner les faveurs de Latnok. Elle lui demande d'aider Jessi à voir le vrai visage de Taylor... Pendant ce temps, tout le monde s'active dans les préparations du bal de promo...

Depuis qu'il a appris qu'il est surveillé par Latnok, Kyle ne se sent pas rassuré. Mais il a d'autres préoccupations en tête : faire en sorte que le bal de promo d'Amanda soit parfait. Ce qui n'est pas une mince affaire, vu le nombre de paramètres à prendre en compte dans l'équation... Quant à Jessi, elle est heureuse d'avoir trouvé sa mère. Celle-ci lui propose cependant de quitter la ville...