Saison 3 (Veronica Mars)

Veronica fait sa rentrée à l'université. Piz, le colocataire de Wallace, se fait voler ses affaires. Veronica décide alors de mener l'enquête. Pendant ce temps-là, Keith attend M. Fitzpatrick à sa sortie de prison et l'emmène retrouver Kendall, prétendument pour échapper à Liam (son frère), mais M. Fitzpatrick se révélera sous un autre jour. Au même moment sur le campus, on découvre que les viols ne sont pas révolus…

Parker, la colocataire de Mac, est la nouvelle victime du violeur en série. Veronica, présente le soir du viol, culpabilise de n'avoir rien pu faire pour aider la jeune femme. Alors que Wallace et Logan participent ensemble à un jeu organisé par leur professeur, Veronica fait son entrée comme rédactrice dans le journal du campus. Sa première mission : infiltrer une sororité où Parker était allée faire la fête la nuit de son viol, et tenter de trouver des indices sur le coupable.

Un footballeur du campus, ami de Piz, réclame les services de Veronica : son carnet de jeu a disparu, ce qui pourrait lui valoir un renvoi de l'équipe et la perte de sa bourse d'étude. Parallèlement, le doyen de l'université menace Veronica de l'expulser si elle ne révèle pas l'identité de la source qui lui a permis d'écrire son article sur la culture de marijuana au cœur d'une confrérie étudiante (lors de l'épisode précédent)...

Avec une cinquième victime du violeur du campus, les soupçons se portent sur la confrérie des Pi Sig qui semble être liée à chaque victime. Dick Casablancas, qui en fait partie, demande à Veronica d'enquêter pour les disculper. Parallèlement, Logan remarque que l'argent laissé par son père disparaît trop vite; il fait appel aux services de Veronica pour résoudre ce mystère.

Le beau-fils du Doyen de Hearst est mourant. Il a besoin d'une greffe osseuse, le doyen demande donc à Keith Mars de retrouver son père biologique soi-disant pour qu'il voie son fils. En réalité, le doyen et sa femme savent qu'il est un donneur compatible pour la greffe. De son côté, Veronica cherche toujours le responsable des viols, et continue de suivre la piste du garçon sur la photo du distributeur. Un braquage a lieu dans le « casino » clandestin de l'université alors que Veronica s'y trouve. Elle y perd notamment le collier de Lilly et décide de retrouver les coupables. Tout semble indiquer qu'Eli Navarro est dans le coup. Pendant ce temps, Wallace échoue dans une matière, et décide de se procurer les réponses de l'examen suivant.

Après les brillants exploits de Veronica dans son cours de criminologie, son professeur lui propose d'être son directeur de thèse. Mais un problème se pose bien vite : elle est accusée de plagiat pour son dernier devoir. Le professeur Landry, convaincu de sa bonne foi, lui donne 3 jours pour amener les preuves de sa non-culpabilité. Son enquête la mène bientôt sur la piste d'un homme, qui s'avère ne pas être un inconnu de la jeune femme…

Après l'arrestation de Mercer dans l'affaire des viols en série, Logan assure à Veronica que Mercer n'est pas coupable, car ils étaient ensemble ce soir-là. Lorsque Veronica lui demande des précisions, Logan refuse de l'éclairer sur l'alibi de Mercer. Parallèlement, il s'avère qu'un voisin d'étage de Wallace nommé Sully a disparu, laissant seule sa petite amie, qu'il devait passer prendre à l'aéroport plus tôt dans la journée...

Selma Rose, la fille du fondateur de l'université, disparaît lors d'une réception donnée en son honneur. Le doyen met immédiatement Keith Mars sur l'affaire, dont les recherches mèneront à une étrange histoire de couple. D'autre part, depuis l'agression dans le parking de Hearst, Logan devient très protecteur envers Veronica...

À la suite de la corruption de l'organisateur de Hearst, les confréries sont rouvertes, au grand dam du groupe féministe fondé à la suite des viols en série. Pour célébrer leur retour, la confrérie des Pi Sigs organise une grande soirée. Mais une annonce dans le journal de l'université inquiète profondément Veronica. Elle annonce en effet que le violeur sera présent à cette soirée et frappera à nouveau. Veronica, bien décidée à enfin démasquer celui qui sème la terreur sur le campus depuis des mois, met en place un plan et se rend à la soirée.

La femme du doyen O'Dell demande à Keith Mars d'enquêter sur ce que tout le monde croit être son suicide. Pendant ce temps, Veronica est engagée pour retrouver un singe qui a été volé dans un laboratoire. Avec Mac, elle infiltre une association de défense des animaux. Cela lui permet d'oublier un peu sa rupture avec Logan et de rencontrer un nouveau personnage...

Un étudiant, qui avait procuré à Wallace les réponses d'un examen quelques épisodes auparavant, demande à Veronica de retrouver une femme qu'il considère être la femme de sa vie. Veronica la retrouve, mais elle découvre également que c'est en fait une prostituée payée par les amis du garçon. Les ennuis commencent alors pour eux...

Veronica a sans cesse des visions de Madison et Logan en train de faire l'amour, bien que ce dernier fasse tout son possible pour qu'ils reprennent leur liaison. Elle doit tout de même trouver qui a donné à son insu des médicaments à Bonnie pour qu'elle avorte. Parallèlement, dans l'affaire du suicide du doyen O'Dell, Keith Mars enquête toujours mais la femme du doyen lui ment sur certains points et il s'en rend bien compte. Veronica l'aide en découvrant un témoin qui a entendu un coup de feu tard la nuit où le doyen est mort...

L'entraîneur de basket est assassiné et la police suspecte son fils, mais Veronica ne croit pas en sa culpabilité. Elle fait tout son possible pour l'aider et retrouver le vrai criminel. Elle découvre aussi que l'amant de la femme du doyen O'Dell (son professeur de criminologie) et le doyen se sont disputés le soir de sa mort. La femme du doyen demande donc à Keith Mars de continuer l'enquête même si beaucoup de choses accusent le professeur Landry. Pendant ce temps, Logan, déprimé, reçoit la visite de la nouvelle amie de Dick. Pendant qu'ils vont à Las Vegas, Logan doit garder la petite sœur de cette dernière, avec qui il se lie d'amitié.

Veronica, en voulant essayer d'aider le fils de l'entraîneur, se retrouve derrière les barreaux. Elle finit par sortir et décide de retrouver ce dernier... Quant à Logan, il s'est un peu repris et rejoint Parker, Mac et son nouveau copain pour un concours de la St Valentin. Keith et Veronica découvrent finalement que le doyen ne s'est pas suicidé mais qu'il a bel et bien été tué.

M. Mars, désormais shérif, décide de reprendre au début l'enquête sur le doyen. Il réinterroge tout le monde et met le professeur de criminologie en cellule. Veronica surprend son assistant fouiller dans les bureaux de Mars Investigations et décide alors de l'aider à prouver l'innocence de son professeur. Ce dernier et la femme du doyen s'échappent ensemble, mais Keith Mars les retrouve. Veronica résout finalement l'affaire du meurtre en comprenant pendant un cours qui est le coupable. Logan et Parker sortent maintenant ensemble, mais Veronica dit ne pas s'en soucier.

Veronica résout une histoire de dégradation d'un restaurant, tandis que Keith découvre que de nombreux bars servent de l'alcool aux mineurs... À la fête d'anniversaire de Parker, Mac et Max se rencontrent et ont l'air de s'apprécier. Piz embrasse Veronica, ce qui la surprend. Mais elle court le rejoindre et l'embrasse à son tour. Logan arrive à ce moment-là et passe en faisant mine de ne pas s'en soucier...

Après la soirée d'anniversaire, Piz et Véronica commencent à hésiter sur leur histoire. Cependant Piz doit s'occuper d'un rockeur pour son show de la radio. Il doit alors demander de l'aide à Véronica pour retrouver des CD volés à la rock star. Pendant ce temps, Mac se sépare de Brondson et aide Logan à préparer son devoir pour l'université. À la fin de l'épisode, on apprend que Vinnie se présente contre le shérif durant les élections, tandis que l'histoire entre Piz et Véronica débute réellement.

Un homme demande à Veronica de découvrir si Apollo, un jeune écrivain qui raconte sa jeunesse en tant qu'enfant-soldat en Afrique, est vraiment son fils. Pendant ce temps, Piz essaye de découvrir s'il passera finalement ses vacances d'été avec Veronica, ayant obtenu un stage à New York. Quant à Logan, ses projets de vacances d'été dérangent Parker, tandis que le shérif Mars est sous pression, car il n'arrive pas à arrêter des cambriolages qui lui donnent une mauvaise image pour l'élection du shérif de Neptune...

Un trafic de fausses cartes d'étudiants sévit sur le campus. Deux élèves identifient Weevil comme étant leur fournisseur. Le jeune homme se retrouve une fois de plus derrière les barreaux ! Il demande de l'aide à Veronica.

Veronica est furieuse contre Logan parce qu'elle apprend qu'il a frappé Piz. Elle lui demande de sortir définitivement de sa vie. Après avoir volé un disque dur pour découvrir qui a mis le caméscope dans la chambre de Piz, son père a des problèmes avec la justice.