Saison 1 (Arok le barbare)

Thundarr, la princesse Ariel et Ookla escortent un homme qui porte une perle noire magique qui peut se défendre contre le sorcier à deux visages Gemini et ses Groundlings (une race de rats mutants). L'homme a besoin de la perle pour protéger les habitants du village de "Manhat", qui sont en réalité les ruines de Manhattan.

Thundarr, la princesse Ariel et Ookla rencontrent un train transportant des fleurs de la mort (dont le pollen peut hypnotiser à la fois les humains et les Moks) transportés par les Carocs (une race de crocodiles) vers un sorcier pour lequel ils travaillent. L'épisode présente Tye, un gamin des marais, qui accepte d'aider Thundarr à condition qu'il capture le train et le lui donne. Tye réapparaîtrait dans "Last Train to Doomsday" de la saison 2.[15]

Le sorcier maléfique Mindok a perdu son corps dans le Grand Cataclysme 2000 ans plus tôt, bien que son cerveau ait survécu. Lui, le général Zoa et les sbires de Zoa recherchent des scientifiques du XXe siècle cryogéniquement congelés appelés "Ice People" dans un complot visant à construire Mindok un nouveau corps pour son cerveau.

Le sorcier maléfique Morag et ses pillards attaquent un village de bateaux de croisière pour kidnapper ses habitants et voler leur essence vitale.

Thundarr, la princesse Ariel et Ookla viennent en aide au chef Mok Oblach contre le capitaine Kordon, reine des pirates de la rivière, qui recherche le trésor caché des Moks et a l'intention d'utiliser les «lances de feu des anciens» pour l'obtenir. Thundarr apprend que ces "lances à feu" sont en fait des torpilles du 20ème siècle. Thundarr et les Moks défendent les ruines d'une base de la marine américaine contre la capture par les River Pirates, mais Ookla doit surmonter quelque chose d'autre à côté des River Pirates, sa peur de longue date de l'eau.

Thundarr, la princesse Ariel et Ookla viennent en aide à une race d'Amazones amphibies dirigée par la reine déchue Diona qui a été usurpée par Stryia, une méchante reine sorcière mi-humaine mi-requin qui envisage de conquérir à la fois la terre et mers avec son armée de légions de requins.

Zevon est le chef de la Confrérie de la Nuit, une tribu de loups-garous qui peuvent ajouter n'importe qui à leurs rangs en les touchant et cible également le méchant sorcier Infernus dans l'espoir de rendre la meute complètement invincible.

Thundarr, la princesse Ariel et Ookla sont pris dans une bataille entre les sorciers Sholow et les concurrents Basim, Skorpos et Chom qui cherchent le casque du pouvoir. Thundarr finit par se ranger du côté du sorcier Sholow lorsqu'il menace un groupe de villageois.

Simius et ses compagnons Man Apes assemblent des parties récupérées du gorille robotique géant d'un studio de cinéma dans un complot visant à terroriser les villageois locaux.

Un vaisseau spatial contenant un vampire extraterrestre atterrit sur Terre. L'extraterrestre capture la princesse Ariel et tous les villageois dans les ruines du parc d'attractions Lakeside caché sous la neige et la glace des Rocheuses comme source de sa nourriture.

Le sorcier maléfique Crom menace une tribu d'humains à l'Alamo. Ils peuvent se protéger en utilisant une machine Guardian sophistiquée qui utilise des drones robots volants qui peuvent désactiver les réservoirs laser du sorcier. Cependant, il fait sauter un circuit et ne peut pas être remplacé car les circuits ne sont plus produits. Leur seul espoir est de s'infiltrer dans l'antre de Crom afin d'utiliser son cadran lunaire, qui les envoie sur la Vieille Terre. Au XXe siècle, Thundarr, Ookla et Ariel sont aidés par une petite fille nommée Samantha, qui les aide à obtenir un nouveau circuit. Le trio retourne sur la Nouvelle Terre et se prépare au combat avec Crom, mais est heureux d'avoir eu la chance de voir le monde préapocalyptique.

Le sorcier maléfique Kublai cherche le sceptre d'or du Yantzee (le seul objet qui peut le dépouiller de sa magie) et terrorise les villageois du quartier chinois de San Francisco dans le processus. Lorsque Thundarr contrecarre ses tentatives initiales, le sorcier recrute un autre barbare nommé Zogar pour l'engager dans la bataille tandis que Kublai tente à nouveau de trouver le sceptre.

Judag est un ancien esclave amer et échappé d'un sorcier maléfique qui prévoit de réveiller un démon endormi qui pourrait accorder à celui qui le réveille les pouvoirs de 1 000 sorciers. Il appartient à Thundarr d'empêcher Judag d'accomplir cette mission.